CRISPRdirect — Rational design of CRISPR/Cas target. 

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2025-06-21 21:21:56, GGGenome : Mouse genome, GRCm39/mm39 (Jun, 2020)

Summary:

Results:

Matches are highlighted with blue background. Mismatches and indels are marked in red.

chr1:5160593-5160603
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TCTTATTCAATAGTTGTTGGGATTGGGATT66720302GGTGGTGCTGGGACTGATCTCAGGATTTCATCCTTACAAGA
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CCTTGGAGTGAAAGTATCATCTCTAGGTCA72388167GGTGGTGCAGGAGGCTTGGGGCATCTGATGTCCAGCTCTGC
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AGATCACTCTGAGATAGCCAATTCATCGGT73551471GGTGGTGCTGGTTGAAGGAATCCACCACCAGAAGGAAAAGG
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CCAGGAAGTGGTCCTTCTCGATCGGAAACT75216178GGTGGTGCGGGGCCTGGCTTCACATTCACCTTCCGTAGCCC
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GGTGGTGGTGGTGGTGGTGCTGGTGGTGCT81150886GGTGGTGCTGGTGATGGTGATGGTGAAGGTGATGATAATGG
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TATCCAGTTTAACCCATATCAAAACCTTTT84820340GGTGGTGCAGGCCTTTAATCTCAGGAGGCAGAGGCAGATGA
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TGTATAGGATTGTTCCCTCTAGCTCTCACA85966723GGTGGTGCAGGCACCCATCTGCTCTTCTTCCTGATATTATT
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AGAGAAATGTCCCATTAAAAGATGTGTAGG88144381GGTGGTGCTGGAGAGATGCAGCACTCTGTGGGTGGGTAAGA
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TTATGTGCGTGTGTGTGCTCTCCAGAATGG89445506GGTGGTGCAGGTGGTACCCAACAGGCAGTTAGCTGCTCCTT
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AAGCAGGATCCTGGGAGCCGCCCAGAGGTT89446209GGTGGTGCAGGATGCACAGGTATAGGAACTGTGGTCTTAGG
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CGGCAGTACCTGCTAACACCTTGAGGGCAG91840060GGTGGTGCTGGACAGGACTGGAGGTGGGGTGTGGGTAAAGA
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GGATGAGGCTCATTCTGGAAACCATCCCTT91854798GGTGGTGCTGGAGTAATATTGGTCTCCCTTTCTGGGCAGTG
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GGCTAATGCCAGAATTCAATTCTTTGTAAT92115741GGTGGTGCTGGAGCCCCACCTTTCCTGAAGCTATCAACAGA
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TAACACAGAAGGTACGGCCACACAGGTGCT92187663GGTGGTGCCGGTGCCGGTGCCAGCACGGGACCTTGCTCCAT
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CACTGTGGGAAGCCACGTGTGCCATTGTAG94198787GGTGGTGCTGGCTACCACTGGCCACCACACATACATAGGCA
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GAGGGAGAAGGTGCTGGTGCTGGTGCAGGT98176041GGTGGTGCTGGTGGTGGGACAGTGTGTGGGGAGCAACATCT
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GGGCTGAAGAGAGGAGAGGGCAGGGAAAGA105357731GGTGGTGCTGGGTGGCTCCCATCCGGGCGAAAGTCCTTGGT
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TTCAGTCCCAGCATTGTATAAACTAGGCAT105753782GGTGGTGCTGGCCTATGATCCAAGTGTCCGGGGATAGAGGC
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AGGGAGGGACCTGGGAGGAAAAGTGAACAG106031050GGTGGTGCTGGAGGAGTTAGGGGAAGAGGAAAACCTGATCT
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GCCAAGAGTCATGAGTAAGCTCAGCAGTTG106788825GGTGGTGCAGGCAGCGCAGGCTGGGCGGGGCCAGGCTGGAA
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AATGATTGTTAGTTCCTGCTTTTTGTTGTT107546184GGTGGTGCTGGTGGTGGTTGTTGTGTGTATGTGTGTTTCCC
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AGTCTAGTAGAAAAAAGAGCATTTTCAACA112921793GGTGGTGCTGGCATAACTGGCAGTTATCATATAGAAAAATG
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TTTATGGTAACATTTTACAATAATCCGCAT118186923GGTGGTGCTGGGCGGTGGTGGCACACACCTTTAATCCCAGC
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Data Export:

Maximum 100000 results can be retrieved in various formats shown below:

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CRISPRdirect | DBCLS
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Naito Y, Hino K, Bono H, Ui-Tei K. (2015)
CRISPRdirect: software for designing CRISPR/Cas guide RNA with reduced off-target sites.
Bioinformatics, 31, 1120-1123. [Full Text]