CRISPRdirect — Rational design of CRISPR/Cas target. 

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2025-06-22 01:12:46, GGGenome : Mouse genome, GRCm39/mm39 (Jun, 2020)

Summary:

Results:

Matches are highlighted with blue background. Mismatches and indels are marked in red.

chr1:3056049-3056059
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chr1:3975241-3975251
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chr1:4324007-4324017
CAGTGGAAGAAAGATAGCATTTTCAACAAA4324007TGTGGTGCTGGCACAACTGGTTGTTATCATGTAGAAGAATG
chr1:4325953-4325962
AATACTCAGAGTCCAGGTGAAACAAGGCCG4325953GGTGG-GCTGGGGCTGATTGCCCAGCAGCCACCCCTGAGGC
chr1:4329362-4329372
TCGAGTGAGGATCTGGTTTTCCACCTCGTT4329362GATGGTGCGGGCAATGGTAGTGAGCAGCTGCTCATAGACCA
chr1:4329763-4329773
CCACTTGGAGCTGATGATCTAGAGGCTAAT4329763GGTGGTGTAGGGGTTGCTGGCCGATAACTTGATGTGATTGC
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GGGGAACACCAGGGCCAAAAAGGGAGAGTG4557111GGTGG-GCAGGGGAGTGGGGGTGGGTGGATATGGGGGACTT
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TTCCGCACACCGTTGGGAGCGTGCATCCTG4567652GGTGG-GCGGGGTCTCACGTAACTGTCCGAATCTCTGTCTA
chr1:4594064-4594074
TAGAGACACGAGCTCCGCTGGGTGGGGTGG4594064GGGGGTGCTGGTTAGTTCATATTGTTGTTCCACCTACAGGG
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TGTCAAGGAAACGGGCAATCCCGGAAGGCA4595993GCTGGTGCTGGCAGGAGACCCTCGACAGCCTGGGGCCTGTG
chr1:4640789-4640799
TCACATGAGGATTTAGACAAATAATACCCA4640789GGTGGTGGCGGCACGTATCTTTCATTCCAGCACTTGGGTAG
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CTCCAGAAAAGCCATAGTGTCCGACACGGA4665571GGTGGTGGAGGCACAGGCCCTTCCTGCTCACGCAACTAATC
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CTGAGCTTGGTAACGGCTAAGTGTTACTTA4720538GGTGGTACTGGCTTTAAAGACATGAAGGGATCATGGAAAGC
chr1:4722923-4722933
GCTCATTGTAGGAGGGGCCAGTCCTTGGCA4722923GGTGGTCCTGGGTTGTATAAGAAAGCAAGCTGGGCAAGCAA
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TTTTGCAAAAAATAAAAATAAAATAATCCA4726271GGTGGTGGTGGCACATGCCTTTAATCCCAGAGGTAGAGAAG
chr1:4758770-4758779
CACGGACTCCTGGGTGGCAGCTTGCTCTGA4758770GGTGG-GCAGGGCCAGCTGTCGCTCCAGTTTTTTTGCCTCT
chr1:4762922-4762932
CTGTTAGCTTTCCAGGCGTTGGGCTTAGAG4762922GGTGGTGGTGGAGGCTTAGGAACCAAGTTCTTATAGACACT
chr1:4784943-4784952
GGGGAATACCAGGGCCAAAAAGGGGGAGTG4784943GGTGG-GCAGGGGAGTGGGGGTGGGTGGATATGGGGGACTT
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TGTGTTGGGTTATCCAGGACTGGCTGAGGT4787000GGTAGTGCTGGGTTCTGATTATGGTGACTTGTCTTGGTTTC
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ACATATATAAAACACACACCCAACCTTTAT4790445GTTGGTGCTGGGAATTCATACTCAAGCTCTCATACCTGCAC
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chr1:4868544-4868553
TGGATTTGTGATGGTTAGGGACTAGAGTGG4868544GGTGG-GCAGGTCATGTGGGAGGAATAGAGGGTGGAAGTGT
chr1:4885845-4885855
TATTGGATCCCCTAGAACCGAGATTACAAT4885845GTTGGTGCTGGGTATCTAATGTGGTCTTCTGAAAGAGCAGA
chr1:4887523-4887533
TGGGACTTGGTAATGTGTAAGAGTCACCCA4887523GGTGGTACTGGTTTTGAAGGCATGAAGGGGCCACGCAGAGC
chr1:4889999-4890009
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chr1:4915945-4915955
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chr1:4942592-4942602
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chr1:5076191-5076200
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chr1:5153622-5153631
CTCCCCTCGGAGGGAAGCAGAGAGCGCGGG5153622GGTGG-GCAGGCCTGGGCCGGGCCGGGCCGGGCCGGGAGAG
chr1:5157517-5157527
AGCAAGGAGGATTTAGACCGTATATTTGGG5157517GGTGGTGATGGTTATCGTGACATACCTGAGTCCTTGATGAA
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CTTAAATTTTTTTTTCCATCTTAAAGAGGT5160593GGTGGTGCTGGCATTGAGCCTAGGACATCATGTATGCTAAG
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chr1:5180081-5180090
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chr1:5180481-5180490
ATTGGGTGTCCGTAAGGCTGGCTCAGGTTA5180481GGTGGTG-GGGCAGCTTCTATAGCTCCTGATTGGTGTCCGT
chr1:5180706-5180715
GATTGGTGTCTGTAAGGCTGGCTCAGGTTA5180706GGTGGTG-GGGCAGCTCCTATAGCTCCTGATTGGTGTCCGT
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GATTGGTGTCCGTAAGGCTGGCTCAGGTTA5180763GGTGGTG-GGGCAGCTCCTATAGCTCCTGATTGGTGTCCGT
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GATTGGTGTCCGTAAGGCTGGCTCAGGTTA5181666GGTGGTG-GGGCAGCTTCTATAGCTCCTGATGGGTGTCCGT
chr1:5182123-5182132
GATTGGTGTCCGTAAGGCTGGCTCAGGTTA5182123GGTGGTG-GGGCAGCTTCTATAGCTCCTGATTGGTGTCCGT
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TGATTGGTGTCCTAAGGCTGGCTCAGGTTA5182690GGTGGTG-GGGCAGCTTCTATAGCTCCTGATGGGTGTCCGT
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GATTGGTGTCCGTAAGGCTGGCTCAGGTTA5183147GGTGGTG-GGGCAGCTTCTATAGCTCCTGATTGGTGTCCGT
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TGATTGGTGTCCTAAGGCTGGCTCAGGTTA5183714GGTGGTG-GGGCAGCTTCTATAGCTCCTGATGGGTGTCCGT
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GATTGGTGTCCGTAAGGCTGGCTCAGGTTA5184285GGTGGTG-GGGCAGCTCCTATAGCTCCTGATTGGTGTCCGT
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TTTGGCTACAATGTAGATCAGCTTGGGGAT5185295GGTGGTG-AGGTATTTGAAGTGGAGTGTGTCTCTAAGGAGT
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TGAACATGTATCATGTGCTGCTTATTACTT5195246GGTGGTGGCAGGTAGTCTCGGGGATTTTATTTGTTAACTAGT
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GGTTTCCCTACCTTAAGGGAGGATTCAGAA5197542GG-GGTGCAGGAAGACAGCCAGTGGACACATGGTCTTCAGG
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AGGCCAGAAGCATGGCAGTGTACAGCCAGA5259044TGTGGTGCTGGAGAAGGAGCTGAGAGTTCTACATCTTGATC
chr1:5283190-5283200
CCTGTATAATAAAAGAACTTGCCAGGCAGT5283190GGTGGTGCACGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGG
chr1:5298920-5298930
TCCTCGGAGTGGTTCAGCTTGGACTAGATG5298920GTTGGTGCTGGCCCTCGTTCATTTTTTTTTTTTTTGTTTTC
chr1:5314693-5314703
ATGGATTAGGTCTTTGTTTTGACTTTGGCA5314693GGTGGTGCTGTCTATGTGCTGATTTTTACAGCCTAAATGGT
chr1:5322520-5322530
GGGTTGTAATGCTGCAGCTGTCCACTTCTG5322520GGTGGTGCCTGCATAACGTGCAGAGCCATCAGTAAACCAGG
chr1:5346375-5346384
TGCTTCTTCATCCTTCTGGTTGCTCGTTCT5346375GGTGGTG-AGGTTGTCTCGTAGCACCTGCATGATGAGAGTG
chr1:5374505-5374515
CTATCCCTTGAGTGAAATGTAGATACCTGT5374505GGAGGTGCAGGAACCCAATGAGAGGTATAGATGTTGTGATA
chr1:5395424-5395434
CATGGTTTAGGCACTAAGAGATAAGTAGAA5395424GGTGGGGCAGGTGCCTGTAGGAGGCAGCGAAGATCTGAAGA
chr1:5447933-5447943
TGTGTTGGGGTACCCAGGACTGGCTGAGGT5447933GGTAGTGCTGGGTTCTGATGATGGTGAGTGGTCTTGGTTTT
chr1:5556818-5556828
GGGTTGTAATGCTGCAGCTGTCCATTTCTG5556818GGTGGTGCCTGCATAACGTGCAGAACCATCAGTAAACCAGG
chr1:5590080-5590090
GTCCATTGTCAGTGGTGATATTCCTGGGCT5590080GGTGGTTCTGGGAAAGCAGTCAGAGTAAGCTACAAGGAAGA
chr1:5623936-5623945
GGGGAATACCAGGGCCAAAAAGGGGGAGTG5623936GGTGG-GCAGGGGAGTGGGGGTGGGTGGATATGGGGGACTT
chr1:5640502-5640512
CTGTGGAGGCTTCATTTCCCAGAGAGCTAG5640502GGTGGTGAGGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGTGTGTG
chr1:5659550-5659560
CATCATCCGGTGAGTTCAGGGACAGGTCTC5659550GGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGTGTTGACAGT
chr1:5659556-5659566
CCGGTGAGTTCAGGGACAGGTCTCGGTGGT5659556GGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGTGTTGACAGTAGACAA
chr1:5659562-5659572
AGTTCAGGGACAGGTCTCGGTGGTGGTGGT5659562GGTGGTGGTGGTGGTGGTGTGTTGACAGTAGACAATTTGTG
chr1:5659568-5659578
GGGACAGGTCTCGGTGGTGGTGGTGGTGGT5659568GGTGGTGGTGGTGTGTTGACAGTAGACAATTTGTGTGTGTG
chr1:5672686-5672696
GAAGGACCGAAATCTCCGCCGCATCACCAA5672686GCTGGTGCTGGTAGTAGTTGCAGTCTTCATCATCTGTTGGA
chr1:5688948-5688958
CTGTACTTGGTAATGTGTAAGAGTCACTCA5688948GGTGGTACTGGTTTTAAAGACATGAAGGGGACATGAAAAGC
chr1:5727614-5727623
TGTGACACACATAGGTAGGATATTGCCTTT5727614GGTGGTG-GGGAAGGAAAACATGGAAAAGAGCTACCATAGC
chr1:5843701-5843711
CCTGCACACTTGCTAGTTCCCCATCACAAA5843701GGGGGTGCTGGTGTAAGACTCTAGCAAGCTTTAACTTACTG
chr1:5896719-5896728
GGGGAACACCAGGGCCAAAAAGGGGGAGTG5896719GGTGG-GCAGGGGAGTGGGGGTGGGTGGATATGGGGGACTT
chr1:5929903-5929913
AATTAGAAAGTAGAACGATAAGCCGGGCAT5929903GGTGGTGCATGCCTTTAATCCCAGCACTCAGGAGTCAGAGG
chr1:5986676-5986686
GCCGATGACCAGCGGCGTTTGCGGGAGGTC5986676GGTGGTGAGGGCCACTATGGTACTCAGGTGATAAGGCGTCC
chr1:5996842-5996852
CCTATTTGGTGTGTTTGCTTCTTTTGGGGG5996842GGGGGTGCAGGTTTTTCTGTTATGCTTTTAAATTCCTGGTT
chr1:6022022-6022032
TTGAGCGGCTTAAATCAGTAACCCAGTAAT6022022GGTTGTGCTGGGACCTTCTGCTTCCAGGAACTCGTAAGGCA
chr1:6042165-6042175
TTATGGTATAAAATACAGCATTTTTTTGTT6042165GGTGGTGCTGTCATGCCAGCTACATACACTCTTTGTTAAAT
chr1:6055531-6055541
ACGGAATGCCCAGGTCCGCACTGCTGCCAT6055531GGTGGTGCAAGCTTTTGCCACAGTGGAAGCAGGGCAGTCAC
chr1:6151203-6151212
GTGAGAGACTTCCTAGCTTATGTTAATTGA6151203GGTGGTG-TGGTGGCTTGAATATGCTTTCCCACACAGTGGC
chr1:6157791-6157801
TTGCTATTCCTTATTTGGTTCTGATACCAT6157791GGTAGTGCTGGCTTTATAGGATTCCCTCTTCATTTTCCATT
chr1:6158518-6158528
GGATATGATAAGGAATCTATACTGGGCTAG6158518GGTGGGGCTGGTGACACTTTGTAGCTTGTGAAGAACTCTGG
chr1:6203098-6203108
TTTTGGTCTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTT6203098GGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTAGTTT
chr1:6203104-6203114
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chr1:6203110-6203120
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Data Export:

Maximum 100000 results can be retrieved in various formats shown below:

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CRISPRdirect | DBCLS
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Naito Y, Hino K, Bono H, Ui-Tei K. (2015)
CRISPRdirect: software for designing CRISPR/Cas guide RNA with reduced off-target sites.
Bioinformatics, 31, 1120-1123. [Full Text]