— Rational design of CRISPR/Cas target.
2025-06-14 13:04:53, GGGenome : Mouse genome, GRCm39/mm39 (Jun, 2020)
Summary:
Results:
Matches are highlighted with blue background.
Mismatches and in dels are marked in red.
CATTATATTTTTCTTAATAGAATTTTAGTT7545600 ATGTCA ACATTGTAGG
ATACTGACTTGTTTAAATGCTGAATTTCAG7924456 ATGTCAG CATTGTTGG
AAATGATCCAATAGTTCAGAAAGTCACTCT8394447 ATGTCACATTGTTA G
TAGATATAATGTAAATATGTCTGCCTTTCT11895930 ATGTCACATTGTCGT
TCCAAGACCATGGCCTTCCAACTCACTGTA14058286 ATGTCACATTGC TAGG
CCAACCCGCAGTGATGCTAGAGCAACACCA24369456 ATGTCACA-TGTGGG
TGTGAGATATGATCAAAAGAATTGGTTTGT33007780 ATGTCACATT-TGGG
GTTAGGAGCCATGGCCTTGTTGAAGGAAGT39130128 ATGTCACT TTGTAGG
TGGCTCCACCGCACAGCTAGGAGGCAGCAG52139862 A-GTCACATTGTGGG
GCTGTACCATGCCATGAGCAATTTATCTCC52510046 ATGTCACATTGA TGG
TTTTCCTATTCAAATTGAGAATGACTGGAA55996976 ATGTCACC TTGTGGG
GTAGAGGTTCTGGTGCAGGCTGGGTGTTTT62239477 C TGTCACATTGTAGG
ATTTTAAAGTGTACCATTTGGTAGTTCAGT63260526 A-GTCACATTGTTGG
TTACTTAGCTCAAAGAATGAGCATGTGACC63621407 ATGT-ACATTGTTGG
GTGTCTGGGAGTGGCCAAACAAATGACTCA67277304 ATGTCAA ATTGTGGG
GCTTTGATGTCACATATAATTGATTTTCCA67896615 ATGTCA-ATTGTAGG
TATATAAACTTTTCCTTAAATTTCATCAGG68242163 ATT TCACATTGTAGG
TCCCCTCTCTGGTATTTTCTTCTTCCCAGC70748894 ATGTCACATA GTTGG
AGAAGAGGCCTTGGGTCCTATGAGGGTTTG70866704 ATGTCACATTGTAGG
CTAGAAATCAGCTTGATTAGGTTGTTTTAA72604708 AA GTCACATTGTGGG
AAGCCCTGCTTATTCTCCTTCCCACTGGAA72651753 ATGTCAA ATTGTGGG
CTAACGCTTGGAGCCCATGATGTGATTTCA79624675 ATGTCACATTC GTGGG
GTCTTGTGTTGGTGACTTTCCTCTCTGAAC80073961 ATGTCACATTG-AGG
ATCTCCTCAGCCCCACCATGATAGAGCTGC90366917 ATGTCACATA TGTTGG
GCCACCATTGCCCTAGCATATTTTGGAGGC95310065 ATGTCAG ATTGTTGG
ATGAAGAGATGTTTTTAATTTCACAATAGC95339345 ATGTCA-ATTGTTGG
AATTATTCTACATAGTCTATCTCTCAGAAA95510636 ATGTCT CATTGTGGG
GGGCCTCCTGTTATGTGCTTGCAAGGTCAG95981137 ATGTCA-ATTGTAGG
ATCAGAAGCTTCAGGTATGCATTGTATCAA104746996 ATGTCACATTGC GGG
CCCTTACTCTGCCTCTTGTGTTCCAACAGC105957023 ATGTC-CATTGTAGG
AGGAGAGGTCCTTGGTCCTGTGAAGGCAAG109233292 ATGTCC CATTGTTGG
CAAATGTCCCAACCTGATCACCATTGCACC116261872 ATGTCACA-TGTAGG
ATATCAAATAATTACCAAATTTTAAAAATT117402758 ATGTCACATA TGTAGG
TTTGATGTGCCATTGTCCCCACAGGGACAC119254636 ATG GTCACATTGTGGG
CAGGGACACATGGTCACATTGTGGGGATAC119254657 ATG GTCACATTGTGGG
TGGGGATACATGGTCACATTGTGGGGATAC119254678 ATG GTCACATTGTGGG
TGGGGATACATGGTCACATTGTGGGGATAC119254699 ATG GTCACATTGTGGG
TGGGGATACATGGTCACATTGTGGGGATAC119254720 ATG GTCACATTGTGGG
TGAACATAGTTGAGCAAGTGTCTTAGTGAG124848342 ATGTCACA-TGTGGG
CTTCATCGTCTAATGATGTAACTTGAATCC125945159 ATGTC-CATTGTGGG
CCAGAGGCTCATATATTTGGTTCTTAGATG127017932 ATGTCACAA TGTGGG
GAACATATTCATTTGGCACATTAGAAATCC127420102 AT-TCACATTGTAGG
TTGTTCCTTTCTTCAGAAAAGTTAAGTGAC132316929 ATGTCACATT-TTGG
CTCATCTCTAAGGTGGATAATGGTAACACC132423158 ATGTCT ACATTGTAGG
ATGTGCTCTAGAGGCTGGATCACTAGCATG134192310 ATGTCAT CATTGTGGG
ACCGGAAGGGGACATAAACCCTCTCTGTGC134607579 AA GTCACATTGTAGG
CGGGGGACCTGATTGTTTTCAGTGCCATAA135595282 ATGTCACAC TGTAGG
GTGAATGAGACATCTCATGGTCCAGTTGAG136887332 ATGTCACATTGC TGG
CTCTGTCAGCAGCTGGATGCTGTGGACTTG136982131 ATG-CACATTGTAGG
AGTAGAGGCCCTTGGTCCTGTGAAGGCTTG140793232 ATGTCC CATTGTAGG
TGTCTGTCTTCAGGTTGATAACAAAATCAG146467383 ATGTCAA ATTGTTGG
ATAGCCCCTCCACACCCCTAGCTGGTGTTT150920470 ATGC CACATTGTAGG
CCCAGCCTCTTCCATATCCTCTCTGCCTGG152446584 ATGTCACATTGC TTGG
ACATTGTCCAAACTTTTTTTATAAGTGGTA159103697 ATGTCAA ATTGTTGG
TTTTTATTTATGTGCCCCGCCTGTATGAGT170814424 ATGTCACA-TGTAGG
CCCCTTCTTTTTTGTGTTTTTACTGGGCAC173268727 ATGTCACATT-TGGG
ATTTATTAGAGATTGCTTGGCTTTACACAT173872720 ATC TCACATTGTGGG
CAATTAGGAGGTGTGGCCTTTTTGAAGTAG176575643 ATGTG ACATTGTTGG
TTGGGGTGGCCCTTTGCAAAACCTGAGGTG178764723 ATGTCACAA TGTTGG
GAGAAGACTCTCATTTCCCACAGTGGATTT180760692 ATGTCACATTG-AGG
AGGATTTAGTGACCAGTATGAGAATGTGTG181985183 AG GTCACATTGTGGG
CCTCATGGGCTTTTCCTTGTCCATTTTGGC183085895 ATGTC-CATTGTTGG
AGGAGAGGCCCTTGGGCCTGAGGGTGTTCG185370513 ATGTCACAG TGTAGG
TTGATTTGGGAAAACCCACCTTATGTGTGT186490445 ATGTCACATT-TTGG
CGTGAGATCAGAAGACCGCCTAGGTTTCTT187757431 C TGTCACATTGTAGG
AACCACCACAGAAGCTCTTGACTACACCCC189087251 ATGG CACATTGTAGG
TTAAGACGATAACACATAAAAACAAAATGT192678738 ATGTCACA-TGTGGG
GTGTAAAATGACTGCGTAGGCTGGTATGGA193027846 ATGTCACATTGTGT G
AGTGGCTGTTTCATCTTATTCTGCAAGCAA193123268 AA GTCACATTGTTGG
TGTGACACTAGGGAATCCAACCGCAGCTAC11553052 ATG-CACATTGTGGG
ACTAGGAGGTGTGGCCTTATTGGAAGAAGT17909751 ATGTCACT TTGTGGG
GAAGACAGTAATCCCCAATCCACAGTGGAA20385059 ATGTC-CATTGTTGG
CCTTGTATCTGTATCAATATGTCTTACTGT23881700 ATGTCACATTGTTGT
CTGATGTTAGTGCAGCACTAAAGTTGAGAA24459531 ATGTCACA-TGTTGG
TGAGCAGAGAAGTGAACCATCTATGGCCAC24685564 G TGTCACATTGTTGG
GCTCCCTACCTGTTCCACACATAGCATCTC27855218 ATGTCAC-TTGTTGG
AGACAGTTGTCCCCACATGGGTCTTGGGTG29982282 ATGTCAT CATTGTAGG
ACAAAGAAACAGATCTTAATATTGGGTTAA34122542 AA GTCACATTGTGGG
TTCCTAAAACTGATGCATAAGTGATTCTAA34917550 AA GTCACATTGTTGG
AATTCTAAACAGAAAATAGTTAACAGAGGA36225242 ATGTCAA ATTGTTGG
CTCCACCCCAAGAGTTCAGCAGTATCAAAC43293395 A-GTCACATTGTTGG
AGGTAGTGAGTTATGAACTAGATGGATGCT45239192 ATGTCACATTT TGGG
CCAGTCTGCATTGATTCTAGCTTGACAGTT46800625 ATGTA CACATTGTTGG
TTTGGGAGAGATTAAAATGGACTGTATAAA48290781 ATGTCACA-TGTGGG
ATACAGATATACCACACCCTAAATGACAAA51550980 AA GTCACATTGTGGG
AAAGAGCAAGTACTGAGAAACGTAGGATAG53892544 ATGTCAC-TTGTAGG
TATAATTAGCACTTCAGAAGATGAACTGGC57296934 AT-TCACATTGTTGG
AAAGAAACAGGAGTAAGTAGGGGAACAGAG58133393 ATGTCACATTGA GGG
AGGTGCTGTCACGCCACATCAGGTGCTGAA61167962 ATGTCACAC TGTGGG
AGAAATTATCCTGCCGCTGATTAGTTAAAA64197658 ATGTCACATTGTGGG
ACTAGCGAACTACCAAGTAAGCAAAAAGCA70708815 ATGTCACATTC TTGG
TAGTGCATCAGAAAGTAAGGACACCTACAG72892654 ATGTCACATTGA AGG
GATGTCCTCATTCTTAATAGCTGAATATTA74644326 ATGTCC CATTGTGGG
ATCTGCAAAGAACAATAATATCAGGCCTGG78000330 ATGTCACATTGTCT G
CTCTCTTTCTCTCTCTCTCACACACGGTGT79230331 ATGTCACATTGTTA G
ACTAATTTGCTGTGCTAATATTTACTTGGC80261345 ATGTCACATTC TAGG
AGTATAAAGTGATGGTGTTAGAATCATAAA80785913 ATGTCACATTGTCT G
GTTTCAGTAGGTAAGAGTGAAATAGAAAAG82408758 ATGTCACATTGG AGG
CACATAGCAAATCAGCACATGGCAATTATA85008413 ATG-CACATTGTTGG
CTTTATTTACACACTGGGCATGATGACAGA85360687 ATGTCACATG TGTTGG
AAAGAAGATTTTATCTTTAATTACTTTATT88171856 ATGTCACAG TGTGGG
AGGAAAGGCCCTTGGTTCTGTGAAGGCCAG88569978 ATGTCACAG TGTAGG
AAGCAGTTAAACTTTTAAAAATTGTGTAAA94904415 ATGTCACAA TGTAGG
AGGAGACACCATTGGTCTTGTGAAGGTTCT95499452 ATGTCC CATTGTAGG
CCATGTGGCCTTTTCCTCATCCAGTTTGGC101375251 ATGTCACATTGTTGA
GGATATTCTGAGAAACTTTTCTAGCAGACT102143825 ATGTCAC-TTGTTGG
CCTGTGTGGCTAGCAGTCTACATACCTCTA104255415 ATGTCACAC TGTTGG
TTGTCTTTAACACAGGGTTGGGGGTGGGGG108536804 A-GTCACATTGTAGG
AAAATATACTTGCTCATATACCAAATTTGA110902016 ATGTCACATTA TTGG
GTGAGAGAAGTGTTGCTTTTGATTTTAATC112634409 ATGTA ACATTGTGGG
ACACTGAGGAAATTAAGTCCCCAGTTGGTG114407417 ATGTCACC TTGTTGG
TCAAAATATTTCTTTCCTCACTTTCTTCTT114502950 ATGTCACA-TGTAGG
ATTTATAACGTTATGGGCTAGGTAGCCATA114553204 C TGTCACATTGTTGG
GTTCAGAAGTATCATTCCCAATGTTCCCTC115016732 T TGTCACATTGTTGG
TGCCGAATGTTGGACTTCCCAGGAAAGCAC115380762 ATGTCACATTG-AGG
TGGTTCTTAAAACATTTTGAATTGTGAAAC117100362 ATGTCACATT-TTGG
CTCTTGCTCCTAACTCCCTACCATGGGCTA119132568 ATT TCACATTGTAGG
ACCTAGAGTTACAGACAGTTGTGAGCCACC121267855 ATGT-ACATTGTAGG
TTATACAGAAAAATTATGATAATGTAGCAA121814208 ATG-CACATTGTGGG
GCGTGTGCACACATGTACGCGGGCACATGT130403036 ATGTCACATG TGTAGG
TTTCTTTTCTGTTCCCAAATACCTTATTTA131151928 ATG-CACATTGTTGG
TGAAAAGCATTTTAATTTCATGAGTCTCTG135816718 T TGTCACATTGTTGG
GGAGAAGAGGCAGTGGACCTTACCTTTGGA135958104 ATG-CACATTGTGGG
ACTGTTTGGTCAAGTGTGACTTTTGAAGGA141096295 ATGTCACATTT TAGG
ACTTGACTCATTGAAATATTTCTTATCACG141221382 ATGTCACAC TGTAGG
TGCTGTAGCTGATTTGGTCTCCTTCTGAGA144667038 ATGTG CACATTGTTGG
GAAGTGCTATCATCTGGAACCGGGCAGCAG147317148 AT-TCACATTGTTGG
TAAGCATCTTTTAATGTATCACCTCTTAAC147349227 ATC TCACATTGTAGG
GAGTGCTTTTGGCTCCCTTGTCCAAAAGAA147390397 ATGTCAT ATTGTGGG
TATGCACTGACTCAAACTTAATGCCAAGAT148412350 ATG-CACATTGTAGG
CGAGGGCACCTTTCAGGAGTTGGTTCTGTC155364270 AT-TCACATTGTGGG
TTTCTAACATTTATAGCTTTTTGTTTCTGA160870869 ATGTC-CATTGTTGG
CACAGGCAAGTTCTCTGGCCTGTAGTGATG163444851 AT-TCACATTGTAGG
TTTAAGGGTGGTGAGAAGTCACTGACAGGT169532025 ATGTCACAG TGTGGG
GTGTTTGGGGCATAGATGTTAAGAATTAAA174018992 ATGTCACC TTGTTGG
CATATATAATCCATTTATTGTATTCTATGA6824835 ATGTCACATG GTTGG
TTTGAGATACATAGTTTAAAATAGATCTGC13192178 ATGT-ACATTGTTGG
TATCTGCCAAAGAGAGTCATTCTCGAATTA20320519 ATGTG ACATTGTTGG
ATCTTTAGAATATCTTTTAATATTGTGGTA21225592 ATT TCACATTGTAGG
TTCCATATACAATTAAAAATTTCTCTTCCC23491358 ATGTCACATT-TTGG
ACTTAATATCCCATATATTTTATCCTAGGA30903190 ATGTCACATG GTTGG
AGGTGCTGTCACGCCACATCAGGTGCTGAA32731681 ATGTCACAC TGTGGG
ACACACACACACACACACACACATACATAC34111663 ATC TCACATTGTAGG
TACATAAGCTTCTCAGTCTCATTAAGCCCC36251145 ATGTCT ACATTGTTGG
AAAGCTAGTCACTGGCTGAACATGCAGCAC39092881 ATGTCAG CATTGTAGG
GGTGAACAATAGGATAGTATGTCTTAGATA47053348 AA GTCACATTGTGGG
TCTGCTAAAATGAAATATGCATATTTAATT60428874 ATGT-ACATTGTAGG
CCATGGCCATATCTCTAGGGCTAAGACTGG60798507 ATGT-ACATTGTGGG
AGATGTGGAAAGTATCAATTTACCTCAGGA60930691 ATGTCACC TTGTTGG
TGTAGAAGGAAATAGCCATGTCTGAAAATG61568859 ATGTCT CATTGTTGG
TAACACCCAAAGTTTTCCTCTGGTCTACAA61624271 AT-TCACATTGTGGG
ACGAGAAGGTTATAGTGAGATGTTGACATA64818211 ATGTCACAG TGTTGG
TTCAGTCTTCTTCCACATGCAGGGTCAGAT67880462 AT-TCACATTGTGGG
GTCTTTTGGAGTCCAATCAGTGCTGCCAGT71838330 ATG-CACATTGTGGG
TTGTCCCATAACCTGTGTCACTTTTAGGAG73444308 ATGTCACC TTGTTGG
AGTCAACACAATTTTTTTTCTGTAAGAAAA74087625 ATGTCA-ATTGTTGG
CTAAATATAGATTTACAAAATGACCTAGCT80366486 ATGTCACATT-TGGG
GTGTGTATGTATATATTCCCAGTTTTAAGA80995043 ATGT-ACATTGTAGG
CTAGATGAAGTTTACAGTTCCTGTGTTATG82003905 ATGTCAC CATTGTTGG
ACTTCATAGAGAATGTCATAAGCACCCCCA83519394 ATGTCACATTT TAGG
TGCCCAGCACGTAGAACCAGAAACAATACA86914157 ATGTCACATTGTCA G
TATGTGCAGTAAAATAAGGTCTGGAAGTAA91499082 AA GTCACATTGTAGG
TATTGTCCTGTTAAACAAATCTGGTAGTAA91572003 AA GTCACATTGTAGG
CATCTGCAGTAAAATAAGTTCTGGTAGTAA91679912 AA GTCACATTGTAGG
CCAGATCACATAGACCTAGAAAGTCTTTAG92267293 ATGTCAT ATTGTTGG
CCCATTGTGAAAGGTGCAGAAGAAAAGGAT101119588 AG GTCACATTGTAGG
TTCAGGTTGATGGTGAGGGAAGCAGGCTTT102180628 ATGTCAC-TTGTGGG
GACCACAAGGCAAAGTAAACTTTGTTCCAA102192804 ATGTCACATT-TTGG
CTTCTAGTCCATTACTGTAGTTCTGTAATG103032677 ATGTCT CATTGTGGG
ACCAGAGGCGGCAAGCTTTGTTGTACCTAC107533644 ATGTCACATT-TGGG
CTGGATTTCTGCCTCTGGCAGTGTAACCAG108495773 ATGTCA ACATTGTTGG
TACCTTGCCCAGAAACCACAAAACAGTTTA112074844 ATGTCT CATTGTGGG
CCTGGCCTCAATCCCCAATACACACATGGC121670414 ATC TCACATTGTGGG
TCTGCTTAAGAAAAACTCTTTCAAAGAGCC127941241 ATGTCACATT-TAGG
CTTTTCAGTCTCCTGCTTTTATTGATGGGC130540824 ATC TCACATTGTGGG
GATTATTTTGTGCTTTTCAGACATTTCTTG132397256 ATGTCACAT TTGTTGG
AGGATGCTGGGATTAAAGGTGTGTAGCACT144700677 ATGTC-CATTGTAGG
CTAGCAACTCTTCTTTAGACATTTTCTAGA145641051 ATGTCT CATTGTTGG
CTATAAGAGAATGATGTTTTAAAGTAGGTC147789955 ATGTCACATT-TTGG
TGATTTTTTATTTATCTACGAGATCACTAT148653393 ATGT-ACATTGTAGG
CACTTGAATTTTACAGTCTGAATGCACTTT149514255 C TGTCACATTGTGGG
CTTCATCTATCTCTGTAATGCTTTATACCA153627402 ATGTCACATTGTGGC
TGTGCATAGGGCAGGGTGGGAGTTGACTTC155720465 ATGTCACA-TGTGGG
ACAACTTCAGCAATGTCAGATATGGGTTCC5982282 ATC TCACATTGTAGG
CCTTCCTTCCTCTTTCAACCCACAATGGAC6447419 AT-TCACATTGTGGG
GTGTATGTGTGTGCAAGTCTGTGTGTATGT11478617 ATGTCACATG TGTAGG
GACTGTGTGAGGAAATAAGCTATGTGCAAA13451515 ATGTCACATT-TGGG
GGATAACAAGTTATTTGCTCATTATCCTGC14106360 ATGTCACATTC TTGG
TTAAGCATATTTTTAGAAAGATGTATTTGT14298840 ATGTCACATTGTAGA
TGTGACTTCACTTTAGAAAGATGTATTTGT14300076 ATGTCACATTGTAGA
TTCATGCAATCCTAGACAGAAGGCTGACCT15461590 AA GTCACATTGTAGG
GTACAGATGATCATTAAGTTGAACTGAGGT17772104 ATGTCACATTG-GGG
AAAGTAAAGAAATCAAGACTCAACTCAAAC18867713 ATGTCACATT-TAGG
GATGTCTTGCTTCTTTCAAGGCCTGTTCAA19329195 ATGTCACC TTGTTGG
TCAGCAAGAATGATGTTTACAGTTAGGGAA19738106 ATGTCAC-TTGTGGG
TCTACTCTTACTGGGGCCCATCTCCTAGTG21780033 C TGTCACATTGTAGG
CTCCTAGAGGCATTTGTAGATATGGCTGCT22396604 ATGTCACA-TGTGGG
AGGAGAGGCCCTTGATCCTGTGAAGGCTTG23283462 ATGTCC CATTGTAGG
AGCATTTACTCAATTAGTAATCAAGGTGGA29674287 ATGG CACATTGTGGG
ACCACGATTATCCCAGTATACCTTGCAGGC33684275 ATGTCACT ATTGTAGG
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CRISPRdirect |
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[Full Text]
— Rational design of CRISPR/Cas target.