— Rational design of CRISPR/Cas target.
2025-06-22 02:31:10, GGGenome : Mouse genome, GRCm39/mm39 (Jun, 2020)
Summary:
Results:
Matches are highlighted with blue background.
Mismatches and in dels are marked in red.
CCTGGTTGATTGCTCAGTTTGTCTGAGAGA17388599 CCTCA GGGGTTCAGGT
TGGAGAGTACTCTGGAGCCCTTAGTGGCCT18990506 CCACT GGGTTCAGGT
TGGGTGTCGGGCGACTACGCTCGCAAGGTA20115176 CCCCGGGGTTCAA GT
TGCCTGGTTGGTGGTCTAGTGTTTGAGAGA29826370 T CACGGGGTTCAGGT
AGACTGGAGATAGGGTTAGGTTTACACTTG36594613 CCCT GGGGTTCAGGT
TGGAAGTAAATTCAAGGAGTCTAATTAAAT58751408 CCTCC GGGTTCAGGT
TTTGGGGTTCCTTTGTTCATTCTTTGTGCT91273734 CCCCGGGGG TCAGGT
CTTTGGTTGGTGGCTCAGTCTCTGGGAGCT106331581 CCCCGGGGTC CAGGT
AGAGGTTGCCTTTTCCATTCTTTCTCTGGC111082445 CCTCGGGGT TTCAGGT
AAGGCAGGCTTTAAGTTTATCTGCTGGGTT132502794 CCTCA GGGGTTCAGGT
GAACAGAGGTATTGCTGGAGGAGAGGAAAG132861726 CCA-GGGGTTCAGGT
TTCAGTTGGTGGCTCAGTCTCTGAGAGCTG133923445 CCA-GGGGTTCAGGT
TCACAGGACACTCCAGGCCTCTGCCACATT135988864 CCT-GGGGTTCAGGT
TAATGTTCTTATTTCAGTATTAAAAACATA154758524 CCTCT GGGTTCAGGT
ATATACTTGTCATGTTCTAGACATGGGTTT159681654 CCACGGGG-TCAGGT
GTGGTCCTTAGGCAAGGGATGAGCTTGTAA161100464 CCTG GGGGTTCAGGT
AGTATCTCGGCAACCAACAGCAAAACTGGA176263773 CCA-GGGGTTCAGGT
CACACCACTGTGAGGGCCTAGCAGTGCCTG180845780 CCGCGGGGTC CAGGT
GCTCCCCCTGCCCCCCATCCCCATCCCCCA190043350 CCCCGGA GTTCAGGT
AGAGGCATCTGGGAGTCTTAGGTCCTTCTT192095626 CCA-GGGGTTCAGGT
GTGGAAAGGGGAAAGTGAGATGGCAGAGGG194660974 CCTCT GGGTTCAGGT
AGCACCACCAAGGTGTCTCTCTGTCCATTG10228891 CCTG GGGGTTCAGGT
AGTCTTCCCTCTTAGTATTTTTGCAGTGGA19179249 CCCT GGGGTTCAGGT
CACATGAACTGTGGGAGGAATTATTACTCC20838064 CCTCGGGGTTCAT GT
CACATACGTCTTATTCGACTGGGTCTTATT35507810 CCACT GGGTTCAGGT
TCCTAAAGGAGATGTCTCCAACAAACACTT64614999 CCCCA GGGTTCAGGT
GTTAGGACAAGATGGGCACGAGTTTAGCTC70382901 CA GCGGGGTTCAGGT
GTTCAGAACCGACGTGGTCTGTTTAGTTAA70521370 CCACGGGG-TCAGGT
TTGTGTCCAGAGTCAGGAAATAGCCGTGAT71721885 CCT-GGGGTTCAGGT
TGAAGGTTATGTTTTTGCCCGGAAGGACTT76721052 CCA-GGGGTTCAGGT
TCTCATAGCCACAGACACCTCTCTTCACAG90281295 CCT-GGGGTTCAGGT
GCCTGGTTGGTGGCTCAGTCTCTGGGAGCT105312007 CCCT GGGGTTCAGGT
ATATTTACAGTAAACACCCATATACCCAAA112306353 CCCA GGGGTTCAGGT
GCAAGACTGTGATGGCAGCTGAGCTCAGGG127175267 CCT-GGGGTTCAGGT
CTTTGATTGGTGGCTCAGTCTCTGGGAGCT129637672 CCCA GGGGTTCAGGT
GCACAGCAGCCAAGAGAGAGGAGGAGTTGA151526739 CCT-GGGGTTCAGGT
CAACTTGTCAGGGTCACACAGTTGTGAGCA157306357 CCTT GGGGTTCAGGT
GAGTTCTGTCTGTTGAGCGACAGGGATGTG161483695 CCTCGGGGTTCAGGG
TTCAGGAGATCTAATACTCTCTTCTGGCCT166822550 CCACGGGGA TCAGGT
CTTGTTCTCGGGATGTACTTTCTTGTACCT170858319 CCTCGGGGTTG CAGGT
TTAGGAAACAAGATTTTGTTCTGTGGCTTC175147244 CCACT GGGTTCAGGT
TTAGGAAACAAGATTTTGTTCTGTGGCTTC175244814 CCACT GGGTTCAGGT
TTAGGAAACAAGATTTTGTTCTGTGGCTTC176145779 CCACT GGGTTCAGGT
TTAGGAAACAAGATTTTGTTCTGTGGCTTC176295356 CCACT GGGTTCAGGT
ACTGTGTCTGGTTACCTTGAATAATCAACA180449720 CCACT GGGTTCAGGT
TAGGATAAGATACAAATTACCCAAGGAAGT15176040 CCACGGGGTTCAT GT
ATCTCAATCAGGTCCTTGATCCCCAGGAAA26798825 A CTCGGGGTTCAGGT
AGCTTTCTATCCTCCCCCTGACTCCTCCTC28226159 CCTCT GGGTTCAGGT
CTTTGGTTGGTAGCTTAGACTCTGGGAGCT33241450 CCCA GGGGTTCAGGT
CGGCTGGCCCACCACTGCAATGGCCCCGTC34431717 CCGCGGGGTTCAGGA
TGATGCACCTAACCCTCAAGAGACTGGAGG39132582 CCCCA GGGTTCAGGT
CTTTCTTACACAGAGTGAGGAATGATGGGA39168339 CCTCGGGGTTCAT GT
TTTGGTTGGTGGCTTAGTCCCTGGGACCTT59014875 CCA-GGGGTTCAGGT
AATATCTTGGTCCTTCAGGGATCATCTGAG78902273 CCACA GGGTTCAGGT
CCAGGCTGGAGCTTGAAGTCCTTCTTTCTG103049186 CCTCGGGGTC TCAGGT
CTTTGGTTGGTTCCTTAGTCTCTGGGAGTT111564069 CCTA GGGGTTCAGGT
TATTCATGAAAAGGTTAGTAGAACGAATTC157998343 CCCCGGGGTTCAGGT
ATGCTAAGTGAACACTGATGGGGTATTGAA7012976 CCT-GGGGTTCAGGT
AAAGTACACACTTTACCATCTGAGCTGTTG13544354 CCCCA GGGTTCAGGT
CTTTGGTTGGTGCTCAGCCTCTGGAAGTTT14388143 CCA-GGGGTTCAGGT
CTGCAGGTGGTATCCGCGTCTCCCGGGAGA32983925 CCGCGGGGTTCT AGGT
TTTGGTTAGTGCTTTAGTCTCAGGGAGATA36480943 CCT-GGGGTTCAGGT
GCTGTTGATCTGCTGTGTGAGGGTTTCCAG63084177 CCTCGGGG-TCAGGT
GCCTGATTGGTGGCTCAGTCTCTGAAAGAT67557959 CCCA GGGGTTCAGGT
ATGGGACGTGCTAATACCTGTGTGATCTTT70368375 CCCCGGGGTTC CAGGT
ACTAACACATCCCCTCTACTTCCTTTACTA95758744 CCTCGT GGTTCAGGT
CAAGGCTAACCAATCTTGGTTCTGTCTTTC119960896 CCACGGA GTTCAGGT
AACTTGAGGGAGGAAGGTTTATTTCAGGGT138195431 CCAG GGGGTTCAGGT
TGGTAATGTGCTTGCCTTGCTTACATGAAG138676739 CCCCGGGGTTCAGT T
CTTTTATTCCCCAGCACCTCATGAACTGGA140142917 CCTG GGGGTTCAGGT
CATTTCAGGACCCAGACCCCGGGGTTCACT141063828 CCTT GGGGTTCAGGT
CCATCTCCCCAGGAATGTCCTTCATCGGGC148862671 CCTCGGGGTTCAT GT
GGTTGGGCCGAATGCAGAAGTCATGCGGGG149671311 CCGCGGGGTTCG GGT
CAGGGTCCCGGGGACTGGGCACGCTGCTCA149815657 CCACGT GGTTCAGGT
TCCTAAAACAAAGCAGCTCTCCCACTGAGA152665730 CCT-GGGGTTCAGGT
CTCAACGCCTGGGAACTGCACGTCCAGCTC154743765 CCTG GGGGTTCAGGT
ATCCCGCCCCAGTCCTGGTGGGCACCACCT154983594 CCAG GGGGTTCAGGT
TTTTGCGGGTCATATGGTGTGTCTGTTGCT4048276 CCACT GGGGTTCAGGT
CTTTGTTTGGTGACTCAGTCTCTGAGCACA12661666 CCCA GGGGTTCAGGT
TTTGGTTGGTGGCTCAGATTCTGGGAGCTC14604756 CCAG GGGGTTCAGGT
GCCTGGTTGGTAATCCAGTATCTGAGAGCT14824181 CCCCGGGGTC CAGGT
TGCCTCCATATTTATGAAATGGTACTGACA20760368 CCCCGGGGTTCAC GT
TTTAGCTAGAAGTTAATTCCGGTGCCTCGT25305156 CCCCGGGGTTC-GGT
ATTGTGGTGGTGCTGTCACTGGGCTGGTGG33398757 CCCCGGGGTTCAGT T
CTTTGGTTGGTGGCTCAGTTTCTGAAAGCT42185784 CCCA GGGGTTCAGGT
GCATATAAATTTCATAAGTGACCACAAATC47892416 CCTCA GGGGTTCAGGT
AACTGGCTAACTAGACTAGCTTGCATTCTA54018257 CCTCT GGGTTCAGGT
CCTGGGGTTTGGTGGCTCAGTGTCTGGAAT61176518 CCT-GGGGTTCAGGT
TTTTGGTTGGTGGCTTAGTCTCTGGGAGCT63294436 CCCA GGGGTTCAGGT
GTGTGTGTGGTATGAATACATGAGTGGAGG66586981 CCA-GGGGTTCAGGT
GTGGAAGCTTGGAAGTCCAAAGTCAAGGTG76629432 CCCT GGGGTTCAGGT
TATGGATGAAGAAACTTAGAGATGTACTCC77951149 CCGCT GGGTTCAGGT
GCTTAGAGGTTGAGAACGCCAGCTGCTTTT122220770 CCCCT GGGTTCAGGT
AGGATGGAGGGTACAGTCTTATGCGATCCA124694767 CCCCGGGGTTCAC GT
GGATGTGATGTTCTACTCCAATGGGTAGGT134165074 CCCCGGGGTT-AGGT
ATGCATTCAGTTCATCAGACTTTTTTTTCC134646207 CCACGGGG-TCAGGT
CGCAGGTGGCCGAGGCACGGGGCATTGCGC142773375 CCCCGGGGTC CAGGT
TGTCAGGGAAGGGTTAGTCTAGACTTCTTT144279434 CCCCGT GGTTCAGGT
AAGTCAACTACCCTTCAAGTCAGTTCCTGT5255730 CCGCGGGGTTCAGC T
TACTGGTTGTTGGCTCAGTGACAGAGCAAT11200043 CCTCGGGGTC CAGGT
TGTTGTGGGTGGGTTGATGTCCCTATGTCT44311505 CCACT GGGGTTCAGGT
TTTGGTTGGTGGCTCAGTTTCTTCGCGTTT73829818 CCA-GGGGTTCAGGT
ATAGAAGATGGGTTAGAAAGAGTGTAAGAG81201257 CCA-GGGGTTCAGGT
TGTTAAGGGGCAGAACTCCATGATAGATAT90021590 CCT-GGGGTTCAGGT
CTCTCCTAAACATGATCTTGATCTCTTCTG90949068 CCCA GGGGTTCAGGT
CCTGGTTGCTGGCTCAGTCTCTGGAAGTTC104939170 CCTG GGGGTTCAGGT
ATTTAATTGTAGCTTTACAATATCAGGTTT105692693 CCACGGGGTTCAGGG
TAAGAACTGGGGAAACAGGGTTTGCTCTGG122645942 CCCA GGGGTTCAGGT
ACCGGGTACACATGCTCTCTGCAGTCACAC127353797 CCTCT GGGTTCAGGT
CTAATGGTGAACACGGTATGCTTCAGTTCT127573389 CCCCGGGGTTT AGGT
ACCAGTGGACCCAGTCCCAGGCTTTCTGGC3681709 CCCCGGGGC TCAGGT
GAGCTGCCCAGTGCTAGACTGCCCCAGCAC19036706 CCCCGGGG-TCAGGT
GTACAACCTGTCGTGTCTGCCGCACCAGCT19133403 CCTCGGGGTTCAGGC
TTTGGAGCCTGGATGCTCTTCCAGAGATCC19402425 CCACA GGGTTCAGGT
TGGGTTGGGGGGTCAGCTCCTCCAGCAGCC25458268 CCACGGGGTTCA AGGT
CCAGGCTTAGGTTCCTCTTTTTCCCTCAGA44866540 CCCA GGGGTTCAGGT
TGGATTTGAAGACAACATGGAGGTATGAAG48607387 CCTC-GGGTTCAGGT
GCCTGGTTTGAGGCTCAGTTTCAGGAACCT87571376 CCCA GGGGTTCAGGT
GGGCCTGGCCCCACAAAGACCTTAGCAGGG100503493 CCA-GGGGTTCAGGT
GCCTGGTTGGTGGCTCATTCTCTGGGAGCT102514945 CCTCGGGGTA CAGGT
ACAATTTCGAAAACCACGCAATTTCACATA109100165 CCA-GGGGTTCAGGT
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAACAAAAAAC109947233 CCAT GGGGTTCAGGT
GTACACTGAAGCCCTTGAGCAGTCTGGTGG118619907 CCTCA GGGTTCAGGT
GCCACACATCAGAGCTATCGTTTCCTCTTT125630780 CCCCGGGT TTCAGGT
AGTTGGCAGCGGTGCCCGCGTCAGCGCCCG125681411 CCCCGGGGC TCAGGT
TGAGATGCCATGTCCAGCTTTCATGTGGTT126109752 CCA-GGGGTTCAGGT
GCACGCCCCCATCCCCTCGCCCCAGGTGAG126376381 CCCCGGGGTC TCAGGT
CCTCAGGTGTCAGGACCTGTGAGGAGCAGT18665378 CCTCGGGG-TCAGGT
GCCAGCTGCTGCCTGGGGGTGGGGGGTGGG23651069 G CGCGGGGTTCAGGT
GATATCACAAGTCCTTGGCATTTGGCGCAT24161100 G CCCGGGGTTCAGGT
CTTTGATTGGCACCTTGGTCTCTGAGAGCT43865625 CCCT GGGGTTCAGGT
CTTTGGTTGACATTCAGTTTGTGAGAGTCT62991733 CCAC-GGGTTCAGGT
GCCTGATTGATGTCTCAGTGTCTGAGAGAT64098581 CCA-GGGGTTCAGGT
GGCTTTTGACATGACTGAGAGAACTGCAGC78036925 CCACGGGGTTCA-GT
TTACAGATGTGGACGGCATAGCAGTGGTTG103514616 CCCCGGGGTTG AGGT
TCACCTAAGGGTTCTAGAGTGAGGAGCTAA104838552 CCTCGGGGTTA AGGT
GTGCACGTGCACACTTGTAGTCCCAGCTAC111715351 CCACGA GGTTCAGGT
CTGGGCTCTGGCAGCACCCAATTCCAGCCT114308151 CCT-GGGGTTCAGGT
TGTTGCAAGCCAGGCACGTATCTTGCACAT124556735 A CTCGGGGTTCAGGT
AATTAAAGCCAGAGGTGTACAAATCCCACC126477297 CCTCGGGGTTCAGGG
ACCATTTTAGGCTCAAGCCTCACGGGCAAG13831283 CCACGGGGTTCT GGT
GCTTGGTTGGTGGCTCAGAATTTGAGAGAT28741518 CT CCGGGGTTCAGGT
AAGAGCTTCCCTCTGCCAGCTAGTTCCCAG34935826 CCACGGGGTTCAGGG
TGAAGAATCCTCTGGGGTTCTTGGTAGCCT38856277 CCACT GGGTTCAGGT
TGTGCCTGGGTAACCCCTCAGCCCAGCTGG65947451 CCACA GGGTTCAGGT
GCTGCAGCCCCGCGAGCTCGGAGCTGGGCG72893147 CCCCGGGA TTCAGGT
GACTTGAAGTACGGTTTTAATTTGAATTTT75960790 CCTCGT GGTTCAGGT
GTGGTTAAAAGCTCCCAGGCTAGCCGCTGC79975330 CCTCGGGGTG CAGGT
CACGTTCCACTGATCCATAAAACTCCGCCG103104064 CCACGGGC TTCAGGT
GCACTGTCCTGATAGACACAGGTGAGACCT106764866 CCCCGGGGTC CAGGT
CTCCAGGTGGTTGGAGAGCCTCCATGGGCA20965746 CCT-GGGGTTCAGGT
CTAAACAGGATGCCTCTGTCAAATCCTTCC25101276 CCTCGGGGC TCAGGT
CTCCCCTGTGAATCTCAAAGTGTTATTGGC40128288 CCCCGGGGTTCAGT T
CCGGCAGCTGCTGTTGCGCTTGTCCGGTTA43097796 CCTCGGGGC TTCAGGT
CATGAGCCCGGAAATCGCTGGAATAGGTAC78317491 CCCCGGGGTTCAGA GT
AGAGAGGCGCGGGGGAGGGTGGCAAAGAGC79986938 CCACG GGGGTTCAGGT
TCTTTAGTTGTATCTCAGGAGAAGGGCAAT81169184 CCT-GGGGTTCAGGT
ACAAGGACACAGAGACACTTCGGGTGGAGG84570529 CCT-GGGGTTCAGGT
TTTGGTTAGTGGCTTAGTCTCTGGGCACTT103278194 CCA-GGGGTTCAGGT
GATCCCCACATTTGCTACCGATGAGTGAGG117958735 A CTCGGGGTTCAGGT
TGGGAGGGCTTGGAGCTGGATCTGCTGCGG126935305 CCTCGT GGTTCAGGT
GTCTCTGAGATACGGGCCTTGGTCTTATAG127433888 CCT-GGGGTTCAGGT
TGTCGTCTGTGGGGAAGGCACGCGGAAAGG127547842 CCCCGGGGTT-AGGT
TCTGAGCCAGAGCGGCTGACAGCGGCGTGA128380269 T CTCGGGGTTCAGGT
ACTGATTGATTGTTCCATCTCTGGGAGGTC16375646 CCACA GGGTTCAGGT
GTGGTAGAGCACCTGCCTAGCATTGTAAAG18551066 CCCCGGGGTTCAT GT
AGGAGAGTCAGCCTCCAGGGAGGGCTCTGA24342894 CCTCGGGGC TCAGGT
GTAAAGGTAACACTGGGTGGACATCCTAGA50969389 CCACT GGGTTCAGGT
CTCCCAGTGACACTGTCAGGCCTCAGTTGC54982149 T CTCGGGGTTCAGGT
CTCTTTGCTTGGTGGTTCAGATTCTGAGAG55938313 CCCCA GGGTTCAGGT
GCCCTGGGGGATTGGGGGCGGCGGTGGCCC57536530 CCGCGGC GGTTCAGGT
ACCGAAAGTGGGGTGTAGGTGCACCAGGAA61250330 CCA-GGGGTTCAGGT
AAGAGCCTCTCAAAATCCAGGCTCCCCAGG64178103 CCCCC GGGTTCAGGT
GCCGGACCATAGAGGGGTTAAGGAGACTTT69737552 CCTCGGGG-TCAGGT
CAATACTTTCCATCTCTTCTTAGCACAGTT70120448 CCT-GGGGTTCAGGT
GTTCAGTCGCCATGACTGAGGGCTTGGACA71664375 CCCCGGGGTT-AGGT
GGATTTGTGCATCAAAGTCCATAAAGGGAA74176405 CCACT GGGTTCAGGT
ATAATCCCATGCTACATTCAGAGCGCGTCT79049651 CCCCGGGGTTCAC GT
GTGCAGACCAGCCTCTCCCGCAAACCTCTT79588184 CCTCGT GGGTTCAGGT
AAACCTCCAGAAAGCCAAGCTGAGGGCCTC84458157 CCGT GGGGTTCAGGT
ACGCGTGTTCAGCAGGAAGTCCAGGCCGGC100262203 CCCCGGGGC TCAGGT
GTGCCCCTTCAAAAAACTACCTCCTCATTG102737421 CCTCGGGGTTCAGT T
GCACCCTGGGGTGGCCTGTCAGTACATCAC118948923 CCTCGGGGTTCA-GT
GCTCAGCATATGCACACAGTGCTGCTGGTT3754379 CCA-GGGGTTCAGGT
TCTTTGGTTGTCGGTCAGTCTCTGGGAGCT56828880 CCCA GGGGTTCAGGT
GCCTGGTTGGTGGCTCAGTGTCTGAGGGAT57272070 CCCG GGGGTTCAGGT
TTTTGGACGTCAGTCTGTAGGCCTGGTCTT76600720 CCTCT GGGGTTCAGGT
CCTGTGACCCTGTCACCCTAGCTGGCGAAA88327541 CCACGT GGTTCAGGT
TGGAGAGTACTCTGGAGCCCTTAGTGGCCT96439796 CCACT GGGTTCAGGT
TAACATTAACTTGGGCAAACACCTTCTCCC103074416 CCTCGT GGTTCAGGT
TACATTTGCAGGAAATAGGATTCCCAGGCA106924264 CCT-GGGGTTCAGGT
TAAATAATCAGACCTTGCGGGGGCGGACTA110811347 G CACGGGGTTCAGGT
TCCCAAGGGCACCTGACACCAGCCTTGCCA112276451 CCT-GGGGTTCAGGT
CCTCAGGCTTCTCGATATATTCCATGATAT113302598 CCTCGGGGC TCAGGT
GGATCTGCCTACCTACCCCCACCCCCATAG12171950 CCCCGGGGTTCAGGG
CGATGGCAGTGCTGGCCTTGCGCTGCAGGG19132755 CCGC-GGGTTCAGGT
CTAAATGGGATGTCTTCATCAAATCTCTCC21564276 CCTCA GGGTTCAGGT
TTTAAGTCACCTAAGCTTTTGTCTGGCCAG21715437 CCTCGGGC TTCAGGT
TGAAGGGGCTCATTTGGAATATCACAAGTC43274825 CCAT GGGGTTCAGGT
GACCTGCAGTGTTGCAGTTCATTTCCAGCT48132879 CCCT GGGGTTCAGGT
Data Export:
Maximum 100000 results can be retrieved in various formats shown below:
Debug Info:
Redirect URI : http://crispr.dbcls.jp /detail/en/mm39/1/CCNCGGGGTTCAGGTen |
db : mm39 |
k : 1 |
strand : CCNCGGGGTTCAGGT |
format : html |
download :
0.007 | 0.007 | search_start;
0.085 | 0.079 | search_plus_done; http://172.18.8.138:28851/match?q=CCNCGGGGTTCAGGT&k=1&no_gap=0&offset=0&limit=200
0.120 | 0.035 | search_minus_done; http://172.18.8.138:28851/match?q=ACCTGAACCCCGNGG&k=1&no_gap=0&offset=0&limit=0
0.120 | 0.000 | cgi_end;
CRISPRdirect |
DBCLS
Creative Commons Attribution 4.0 International License (CC BY 4.0) .
If you use CRISPRdirect in your work, please cite:Bioinformatics , 31 , 1120-1123.
[Full Text]
— Rational design of CRISPR/Cas target.